La Collégiale est dotée de deux orgues, placées face à face dans le transept. Côté nord se trouvent les orgues romantiques construites en 1870 par E. F. Walcker. Sur la partie sud figurent les orgues modernes conçues en 1996 par la Manufacture d’orgue de Chézard-Saint-Martin. A l’occasion d’un reportage sur les répétitions du Messie de Handel qui doit se jouer à la Collégiale sous la direction de Philippe Huttenlocher, Guy Bovet, organiste titulaire, présente ces nouvelles orgues de la Collégiale.

Guy Bovet, avec érudition et humour, fait la description par l’exemple de ce nouvel orgue « à tout faire », construit sur mesure et avec sa collaboration par la Manufacture d’orgue de Chézard-Saint-Martin. On entend ainsi, entre autres jeux, la « Vox Monika », hommage à Monika Dusong, alors présidente du Conseil communal, ainsi que la « Vox Carlos », qui fait allusion à Carlos Grosjean, Conseiller d’Etat de 1965 à 1977.

L’archive complète nous apprend aussi que ces orgues de 39 jeux, 4 claviers et pédalier, est construit sur un soubassement à coussin d’air qui permet de les déplacer sans effort de la travée au centre du transept, malgré leurs 11 tonnes et leurs 11 mètres de haut.
Guy Bovet, né en 1942, organiste, compositeur, polyglotte, a déployé de multiples activités (enseignement, fondations, recherches, expériences diverses, etc.) en relation avec l’orgue. Compositeur fécond, mais aussi brillant improvisateur, son répertoire couvre toutes les époques et tous les styles de la musique. Il a dirigé pendant 20 ans la Société des concerts de la Collégiale de Neuchâtel.

Jelmini, Jean-Pierre, Neuchâtel 1011-2011, mille ans – mille questions – mille et une réponses, Hauterive : Ed. Attinger SA, 2010, p. 356.