Après la chute de Napoléon en 1814, Neuchâtel saisit l’occasion des discussions sur le nouveau tracé des frontières françaises pour envisager un accroissement territorial jusqu’à la rive droite du Doubs. Mais si ce déplacement de la frontière a des avantages stratégiques et militaires, l’intégration de ces territoires catholiques et de mœurs différentes pose problèmes. Hésitant sur leurs revendications, les Neuchâtelois n’obtiennent finalement, lors de la signature du traité de Paris, que l’annexion du village français du Cerneux-Péquignot. Le 22 juin 1820, le roi de Prusse érige Le Cerneux-Péquignot en paroisse et communauté. Le nouveau territoire est réuni à la juridiction de La Brévine, mais dépend désormais du diocèse de Lausanne pour les affaires religieuses.
L’église du Cerneux-Péquignot, dédiée à la Visitation de la Sainte Vierge, est probablement construite en 1689 ou en 1690. Ramassée, l’église est coiffée à l’ouest d’un clocheton galbé selon le style franc-comtois en usage dans le diocèse de Besançon. L’entrée principale, située à l’ouest, est protégée par un toit en demi-pavillon. Au nord émerge une petite sacristie ajoutée à l’édifice sans doute en 1861. Mesurant trois mètres carrés environ, ce local est légèrement enfoncé dans le sol. Devant l’entrée se situe le petit cimetière.
Il est difficile de reconnaître, sur cette ancienne photographie, l’église d’aujourd’hui. Les importants travaux effectués en 1897 ont en effet complètement transformé son aspect. Le clocheton, qui menaçait de s’effondrer à chaque sonnerie de cloche, est abattu, permettant de prolonger la nef de quatre mètres environ. A l’ouest de l’édifice est construite une tour coiffé d’une flèche évasée. Enfin, à l’intérieur de l’église, le plafond à caissons en bois est remplacé par une voûte plâtrée.
Callet-Molin, Vincent, La Brévine, un espace dans le temps, Hauterive : Ed. Gilles Attinger, 2004, pp. 189-202.