Au cours d’un optimum climatique durant la dernière glaciation, la grotte de Cotencher à Rochefort constitue l’habitat temporaire et saisonnier de groupes de Néandertaliens. Venus du nord du Jura ou entretenant des contacts avec cette région, ils exploitent les différents biotopes présents à proximité de la cavité.

Les glaciers s’étant retirés, des groupes d’Hommes modernes investissent nos régions. Nomades, ils s’installent à la belle saison sur les rives du lac de Neuchâtel. Deux de leurs campements de plein air, datés du Magdalénien, ont été découverts à Hauterive-Champréveyres et à Neuchâtel-Monruz.

Comme l’atteste la canine retrouvée sur le campement magdalénien d’Hauterive-Champréveyres, le chien est le premier compagnon de l’homme. La domestication du loup, intervenue des millénaires avant les autres animaux, en modifiera son comportement, sa taille, son poids et sa denture.

Dans la vallée du Doubs, un chasseur blesse un ours brun qui se réfugie dans une petite cavité. Téméraire, il tente de déloger l’animal, qui l’attaque à son tour. Ce combat sera fatal aux deux protagonistes de l’histoire. Leurs ossements ont été retrouvés enchevêtrés dans la grotte du Bichon.

Quelques siècles avant les premiers villages palafittiques, des pierres dressées, alignées ou organisées en cercles témoignent d’une implantation sédentaire. Pour les premiers agriculteurs qui les ont érigées, ces sites fonctionnent comme des repères géographiques et culturels dans un milieu forestier dense.

A partir du Néolithique, l’homme, devenu sédentaire, exerce un impact croissant sur son environnement par le biais de l’agriculture et l’élevage. La chênaie est progressivement défrichée. On ouvre des clairières pour aménager pâturages et champs et se fournir en matériaux de construction pour les villages.

Les plus vieilles roues du monde ont été découvertes dans les sites lacustres au nord des Alpes. Celle du village néolithique de Saint-Blaise/Bain des Dames, en bois d’érable et de frêne, s’est conservée grâce à l’humidité constante de la couche archéologique qui l’a livrée.

Ce poignard en cuivre, découvert sur le site néolithique de Saint-Blaise/Bain des Dames, est un objet rare. Importé de l’est de l’Europe, il devait faire la fierté de son propriétaire.

Dans la baie de Cortaillod, on pose les fondations d’un village (Cortaillod-Est), qui sera habité durant plus de 500 ans. Les rangées de maisons sur pilotis sont séparées par d’étroites ruelles et une palissade ceinture le site. Au Bronze final, le bord du lac est très fréquenté, les villages étant répartis à intervalles réguliers de 2 à 3 kilomètres.

Au début de l’âge du Fer, un individu est inhumé en grande pompe dans un tertre ou tumulus à Coffrane, au lieu-dit Les Favargettes. Un service de boisson composé d’un chaudron en tôle de bronze, d’une petite coupelle et d’une corne à boire l’accompagne dans son dernier voyage.

Une vingtaine d’Helvètes s’engagent sur un pont en bois à Cornaux/Les Sauges, afin de traverser un bras de la Thielle, aujourd’hui asséché. Pour une raison encore mal déterminée, l’ouvrage cède au passage du groupe, emportant hommes, bétail et chargement. La cervelle de certains corps, piégés sous le pont, s’est ici miraculeusement conservée.

Au 1er siècle apr. J.-C. débute la construction d’une grande villa romaine à Colombier dont les vestiges se trouvent aujourd’hui sous le château médiéval. Elle connaît plusieurs phases de construction, est rénovée, puis agrandie pour atteindre son apogée au 4e siècle apr. J.-C. Elle présente alors une façade monumentale de plus de 100 mètres de long et un espace intérieur de 5000 m2.

Cette date correspond à l’année d’abattage des chênes utilisés pour la construction d’une embarcation à fond plat de près de 20 mètres de long. Ce chaland, retrouvé au fond de la baie de Bevaix, est utilisé à l’époque gallo-romaine pour le commerce et le transport de marchandises. Il a certainement servi à transporter des blocs de calcaire jaune de la rive nord à la rive sud du lac, pour la construction de la ville d’Avenches.

L’acte de fondation du monastère dédié à saint Pierre constitue l’un des plus anciens documents connus mentionnant des noms de lieux neuchâtelois. Le domaine du prieuré s’étend jusqu’à Brot et la Montagne de Noiraigue.

Aux alentours de l’an 1000, toute la région de Neuchâtel appartient au royaume de Bourgogne. Neuchâtel n’est alors probablement qu’un site fortifié servant de centre administratif d’un domaine royal.

Fondée par Rodolphe et Manegold, coseigneurs de Neuchâtel, l’abbaye de Fontaine André abrite des moines prémontrés venus de Haute Saône. Ces derniers exercent depuis Fontaine-André une influence spirituelle et temporelle sur un vaste territoire, ce qui cause une importante rivalité avec les chanoines de la collégiale de Neuchâtel.

Ulrich et Berthold, coseigneurs de Neuchâtel, accordent aux habitants de Neuchâtel d’importantes libertés qui les fait accéder au rang de bourgeois. Ces franchises favorisent la prospérité du bourg et son expansion.

Cherchant des alliés pour s’imposer dans la région, les comtes de Neuchâtel tissent dès la fin du XIIIe siècle un vaste réseau de combourgeoisie : avec Fribourg en 1290, avec Bienne en 1306, avec Berne en 1308, avec Payerne en 1356 et enfin avec Soleure en 1369.

Après l’extinction de la branche ainée de la maison de Neuchâtel, le comté passe par le jeu des alliances en main de Conrad de Fribourg-en-Brisgau, petit-fils de Louis de Neuchâtel par sa mère.

Renouvelée probablement à l’initiative des bourgeois de Neuchâtel, la combourgeoisie de 1406 marque l’emprise toujours plus importante de Berne. L’acte fait notamment de Berne l’arbitre entre le comte et ses sujets en cas de conflit. Les bourgeois renforcent ainsi leur position par rapport au comte.

Jean de Fribourg, sans héritier, adopte le fils d’un cousin germain, Rodolphe de Hochberg. Ce dernier, bénéficiant des relations qu’il entretient avec Berne et la Bourgogne, accède à la tête du comté à la mort de son père adoptif.

Jeanne de Hochberg, petite-fille de Rodolphe, épouse en 1504 Louis d’Orléans, bâtard de la famille royale de France. Ce dernier entre en conflit avec les Suisses. Prétextant une possible attaque française, Berne, Soleure, Fribourg et Lucerne prennent possession de Neuchâtel. Les douze cantons suisses administrent jusqu’en 1529 Neuchâtel devenu sujet.

Guillaume Farel (1489-1565) prêche la Réforme à Neuchâtel en 1530. Le 4 novembre, les Neuchâtelois adoptent à une courte majorité la foi réformée. La messe est désormais abolie en ville de Neuchâtel. La Réforme se répand dans tout le comté, gagnant les Montagnes vers 1536. Seuls Cressier et Le Landeron refusent la nouvelle doctrine et restent fidèles au catholicisme.

Parmi les représentants de la famille souveraine des Orléans-Longueville, Henri II est le seul représentant masculin dont le règne a été de longue durée. Après avoir été sous la tutelle de sa grand-mère, puis de sa mère, il commence son règne personnel en 1617.

Pour affermir sa position à la cour de France, Henri II obtient la reconnaissance de Neuchâtel en tant que Principauté souveraine lors du Traité de Westphalie.

A la mort de Marie de Nemours, dernière représentante des Orléans-Longueville, sans héritier, le tribunal des Trois-Etats attribue au roi de Prusse la souveraineté sur Neuchâtel.

La manufacture du Bied, fondée à proximité de Colombier en 1734 par Jean-Jacques Deluze-Chaillet, marque le début de la fabrication industrielle des indiennes (impression des toiles peintes). Neuchâtel développe plusieurs autres fabriques au bord du lac ou au bord de cours d’eau : Boudry, Cortaillod, Cressier ou Valangin.

Dans la nuit du 4 au 5 mai 1794, un incendie ravage La Chaux-de-Fonds, détruisant 62 maisons et plusieurs édifices publics. La reconstruction donne naissance à une ville nouvelle, élaborée selon les plans en damiers de Moïse Perret-Gentil puis de Charles-Henri Junod.

En mars 1806, Frédéric-Guillaume III, roi de Prusse et prince de Neuchâtel, cède Neuchâtel à la France en échange du Hanovre. Napoléon donne alors Neuchâtel en fief d’empire à son fidèle chef d’état-major, le maréchal Alexandre Berthier qui devient ainsi le nouveau souverain de Neuchâtel.

Après l’abdication d’Alexandre Berthier, prince de Neuchâtel, en 1814, la Principauté retourne au roi de Prusse. Dans le même temps, Neuchâtel souhaite s’intégrer à la Confédération. Le 12 septembre 1814, Neuchâtel devient le vingt-et-unième canton suisse, tout en restant une Principauté du roi de Prusse.

Les discussions sur le nouveau tracé des frontières françaises sont l’occasion pour la Suisse d’envisager un accroissement territorial au nord des Montagnes neuchâteloises. Hésitant sur leurs revendications, mal soutenus par la Prusse, les Neuchâtelois n’obtiennent finalement, lors de la signature du Traité de Paris, que l’annexion du village français du Cerneux-Péquignot.

Une première tentative de révolution en 1831 est réprimée par le pouvoir en place. Le 1er mars 1848, une nouvelle révolution, mieux préparée que la première, aboutit : Neuchâtel se sépare définitivement du roi de Prusse. La tentative de rétablir la monarchie en 1857 échoue.

Retardée par les événements politiques, Neuchâtel n’est reliée que tardivement au réseau ferroviaire suisse. Malgré les difficultés financières et la rivalité entre deux compagnies, le Jura-Industriel et le Franco-Suisse, la liaison entre Le Locle et La Chaux-de-Fonds, mise en service le 2 juillet 1857, est rapidement suivie de l’ouverture d’autres lignes jusqu’en 1860.

Durant la guerre franco-allemande, en janvier 1871, l’armée de l’Est commandée par le général français Bourbaki demande l’internement en Suisse. Après avoir déposé armes et munitions à la frontière des Verrières, 87 000 hommes et 12 000 chevaux trouvent refuge en Suisse, notamment à Neuchâtel.

Une Académie est fondée en 1838, mais souffre de nombreux problèmes et ne survit pas à l’instauration de la République en 1848. La seconde Académie, qui ouvre en 1866, se heurte elle aussi à des difficultés politiques et économiques. Mais l’institution s’améliore progressivement se transforme officiellement en Université le 18 mai 1909.

La loi ecclésiastique de 1873 provoque une scission chez les Protestants neuchâtelois entre l’Eglise nationale et l’Eglise évangélique neuchâteloise indépendante de l’Etat. Le schisme n’est résolu qu’en 1941, date à laquelle le peuple accepte de réunir Nationaux et Indépendants au sein de l’Eglise réformée évangélique neuchâteloise.